In Österreich als Eisenbahnpionier hoch gefeiert wurde er dafür geadelt. Den Adelsnamen von Moldelbe wählte er selbst und das sties auf Widerstand. Denn der gebürtige Italiener wählte demonstrativ zwei böhmische Geografienamen, die Moldau und die Elbe, für sein österreichisches Adelsprädikat, das ihm die Donau-Monarchie verleihen wollte. Als er sich dann auch noch für die Sache seiner Landsleute in Italien deutlich aussprach, fiel er in Ungnade und wurde dabei fast vergessen.

Dem Franzosen Lesseps kam das allerdings ganz recht, so konnte er sich nach dem Tod Negrellis als alleiniger Schöpfer und Erbauer des Suezkanals feiern lassen, dessen Pläne der Eisenbahnpionier aus den Alpen für ihn seit 1838 entwarf. Österreich verlor nach dem Verlust Oberitaliens auch sein früheres Interesse an dem kürzeren Landweg nach Indien und so bekam Negrelli, erst gut ein Jahrhundert später, wenigstens eine Alois-Negrelli-Gasse, eine kleine Sackgasse im 21. Wiener Bezirk. Negrellis Denkmal in Ägypten ist seit dem Sechs-Tage-Krieg verschwunden.