Sie besteht aus 23 Diözesen in fünf Regionen (Provinzen), an deren Spitze der Erzbischof von Perth als Primas steht. Seit 1962 unabhängig von der Church of England, regelt die Nationale Generalsynode alle Belange dieser Kirche selbständig und der Staat hat nur ein geringes Mitspracherecht.

Wie in der Church of England, so besitzt auch die Church of Australia Diakoninnen (seit 1986) und Priesterinnen (seit 1992). Die Verteilung sah im Jahre 2002 wie folgt aus: