Als Antigene können größere Moleküle (Kohlenhydrate, Proteine, Lipide etc.) und in den Körper eingedrungene Fremdkörper (z.B. Pollenkörner, Kot von Hausstaubmilben) aber auch körpereigene Strukturen (Autoimmunreaktion) fungieren. Verschiedene niedermolekulare Stoffe wie zum Beispiel Peptide wirken manchmal als Haptene.

Kleinere Moleküle wie einzelne Kohlehydrate, Amino- oder Fettsäuren oder Atome können keine Immunreaktion bewirken.

Gewöhnlich sitzen Antigene auf der Oberfläche von Zellen, Bakterien oder Viren. Hat der eigene Körper solche Oberflächenstrukturen als fremd erkannt, werden sie durch Antikörper bekämpft, die von bestimmten Zellen des Immunsystems produziert werden. Die Antikörper heften sich an die Antigene und behindern so z.B. die Vermehrung von Viren. Für jedes Antigen muss ein ganz bestimmter, dazu passender Antikörper produziert werden (Schlüssel-Schloss-Prinzip).

Durch die Erkennung körperfremder Antigene können gezielt Eindringlinge wie Bakterien oder Viren bekämpft werden, ohne körpereigene Zellen zu schädigen.

Auch die Zellen von Menschen haben Antigene auf ihrer Oberfläche. Sie sind von Mensch zu Mensch unterschiedlich. Daher wirken sich die Antigene bei der Übertragung von organischem Material von einem Menschen auf einen anderen nachteilig aus, z.B. bei der Bluttransfusion oder Organtransplantation. Hier muss auf Blutgruppen- bzw. Gewebeverträglichkeit geachtet werden. Die Übertragung falscher Blutgruppen führt zur Verklumpung des Blutes, bei Transplantationen kann es zur Abstoßung des übertragenen Organs kommen, aber auch zur Schädigung des Empfängers durch das transplantierte Organ kommen (Graft versus host Reaktion.

Antigene, die Allergien auslösen können, werden Allergene genannt.\n