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In insgesamt 14 Abteilungen deckt der Verein ein breites sportliches Spektrum vom Jugend- und Breitensport bis zum Spitzensport ab.
Fußball
Am bekanntesten ist die Fußballabteilung. Sie spielt seit 1979 ununterbrochen in der 1. Bundesliga. Lange mit dem Image einer grauen Betriebssportmannschaft kämpfend, gehörte Leverkusen in den letzten Jahren stets zu den stärksten Teams der Bundesliga und wurde 1997, 1999, 2000 und 2002 Vizemeister. Aber auch Titel gab es schon zu feiern: 1988 gewann der Verein gegen Espanyol Barcelona den UEFA-Pokal, 1993 den DFB-Pokal und 1994 die Deutsche Hallenmeisterschaft. Im Jahr 2002 stand Bayer Leverkusen im Finale der Champions League und unterlag Real Madrid nur knapp mit 1:2.
Seit 1. April 1998 ist die Fußballabteilung in die Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH ausgegliedert. Bayer 04 Leverkusen wurde 2002 eingeladen, den G14 beizutreten, der Vereinigung der stärksten Fußballclubs Europas.
Leichtathletik
Herausragende Erfolge konnte aber auch die Leichtathletikabteilung feiern. Willi Holdorf (Zehnkampf), Heide Rosendahl (Weitsprung, 4x100m), Ulrike Meyfarth (Hochsprung), Heike Henkel (Hochsprung) und Dieter Baumann (5000 m) sind Olympiasieger in den Reihen von Bayer 04 Leverkusen.
weitere Abteilungen
Die Herrenmannschaft der Basketballabteilung fuhr seit 1970 14 Deutsche Meisterschaften ein, die Damenmannschaft der Handballabteilung seit 1965 12 Deutsche Meisterschaften.