Der Begriff wird von Systemikern für eine Instanz oder eine Person (bzw. deren Tätigkeit) verwendet, die in einem Prozess der Grenzziehung oder Unterscheidung Etwas als von sich selbst verschieden betrachtet und sich auf dieses Etwas irgendwie bezieht.

Damit ist eine solche Art von Trennung / Unterscheidung / Distinktion die Voraussetzung, das Mittel und zugleich auch das wesentlich Bestimmende für das, was beobachtet wird.

Der Begriff Beobachter betont daher im Gegensatz zu einer als objektiv gegeben angenommenen Welt 'da draußen unabhängig von einem selbst', die wesentliche Rolle, die der Beobachter selbst dabei durch eben den verwendeten Unterscheidungs- oder Konstruktionsmechanismus spielt.

In der Physik ist ein Beobachter jemand, der am betrachteten physikalischen System eine Beobachtung (insbesondere eine Messung) durchführt. In der Quantenmechanik spielt der Beobachter eine wesentliche Rolle, da hier - anders als in der klassischen Mechanik - ein System nicht beobachtet werden kann, ohne es zu beeinflussen. Daher gibt es hier zwei "Sätze" von Formeln: Einerseits die Zeitentwicklung des unbeobachteten Systems, und zweitens die Regeln zur Beobachtung. Die unterschiedliche Natur dieser zwei Formelsätze sind eines der Hauptprobleme bei der Interpretation der Quantenmechanik.

Auch in der Relativitätstheorie wird von Beobachtern gesprochen, allerdings dient hier der Beobachter nur zur Auszeichnung eines bestimmten Bezugssystems. Seine Existenz hat keinen Einfluss auf das physikalische Geschehen selbst, sondern bestimmt nur dessen Beschreibung aus seiner Sicht.