Will man einen binären Heap in einem Array speichern, so wird die Wurzel des Baums an Position 1 im Array gespeichert. Die beiden Nachfolger eines Knotens an der Arrayposition i werden an den Positionen 2·i und 2·i+1 gespeichert.

Die Hauptanwendung von binären Heaps liegt im Sortierverfahren HeapSort. Sie werden aber auch zur Implementierung priorisierter Warteschlangen verwendet, da das unterste Element stets das größte ist und das Entfernen dieses Elementes sowie das Einfügen neuer Elemente unter Beibehaltung der Heap-Struktur in O(log n) (Landau-Notation) möglich ist.