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Zur Herstellung wird das Pflanzenöl mit ca. 10 % Methanol und verschiedenen Katalysatoren versetzt. Bei Normaldruck und Temperaturen um 60°C werden die Esterbindungen der Triglyzeride des Pflanzenöls getrennt und die Fettsäuren dann mit dem Methanol verestert. Das dabei entstehende Glycerin muss dann vom Biodiesel getrennt werden.
Durch diese Umesterung hat das Endprodukt eine deutlich geringere Viskosität als das Pflanzenöl und kann ohne den Motor anpassen zu müssen als Ersatz für mineralischen Dieselkraftstoff verwandt werden.
Je nach Art des Pflanzenöls unterscheidet man:
Die Praxis - Warum sich Biodiesel nur langsam durchsetzt
Wenn man auf Biodiesel umstellen will, kann die Informationspolitik des Fahrzeugherstellers zum großen Problem werden. Oft erhält man erst durch hartnäckiges und zeitaufwändiges Nachfragen Auskunft, ob für den jeweiligen Fahrzeugtyp eine Freigabe für Biodiesel besteht - und obwohl es Biodiesel nun bereits seit mehr als 10 Jahren auf dem Markt gibt, sind die meisten Autos noch immer nicht serienmäßig RME-tauglich. Dies liegt zum guten Teil an beständigen Interventionen der Mineralöl-Lobby, die gerne ihre eigenen Produkte in den Tanks sehen würde, und keinen Biodiesel aus anderen Quellen.
Wenn man ein nicht RME-festes Fahrzeug mit Biodiesel betankt, zersetzt dieser in kurzer Zeit die treibstoffführenden Schläuche und Gummidichtungen. Der Grund ist, dass Biodiesel chemisch die Eigenschaften eines Weichmachers hat, und Weichmacher ist auch in den Gummischläuchen enthalten, damit sie nicht spröde werden. Die Schläuche und Dichtungen werden daher durch den zusätzlichen Weichmacher Biodiesel regelrecht "durchweicht".
Weitere Probleme betreffen die Verbrennungseigenschaften von Biodiesel: Er verbrennt nicht völlig rückstandsfrei und hinterlässt Ablagerungen im Motor und im Abgassystem, die die Leistung mindern können. Dies tritt vor allem im Halblastbetrieb des Motors auf und lässt sich beheben, indem man regelmäßig kurz Vollgas gibt, um die Abgasanlage "durchzupusten". Neuere Motoren, die nicht RME-zertifiziert sind, können darüber hinaus auf Grund der anderen Verbrennung Probleme mit der Motorelektronik bekommen, die ja fest auf normalen Diesel eingestellt ist.
Erfahrungen im Nutzfahrzeugbereich zeigen, dass es nach mehrjährigem Verbrauch von Biodiesel zu Schädigungen der Kraftstoffpumpe kommen kann.
Für eine besser Akzeptanz von Biodiesel in der Bevölkerung muss auch die Verbraucherinformation verbessert werden. Eine typische Frage ist z.B., ob man Biodiesel und normalen Diesel im Tank mischen kann und darf (technisch ist dies durchaus möglich, allerdings gibt es noch ungeklärte Fragen bezüglich der Besteuerung). Auch die Norm für Biodiesel (DIN V51 606) ist noch nicht endgültig, daher hat Biodiesel zur Zeit (2003) noch nicht bei jedem Hersteller die gleiche Zusammensetzung.
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