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Mit Hilfe der biologischen Datenbanken soll das Zusammenspiel von Biomolekülen und somit der gesamte Stoffwechsel eines Organismus erklärt werden. Dies würde die rationale Bekämpfung von Krankheiten und damit auch die Entwicklung von Pharmazeutika enorm erleichtern.
Da das biologische Wissen auf viele Datenbanken (meist auch räumlich) verteilt ist, ist es schwierig Konsistenz der Informationen zu gewährleisten was zu teilweise niedriger Datenqualität in den biologischen Datenbanken führt.