In den 1960ern einer der bedeutendsten Mittelfeldspieler Europas. Er gewann drei englische Meistertitel, den WM-Titel und den Europapokal.

Seine Karriere begann er als Jugendlicher bei Preston North End, wechselte aber schon als 14jähriger zu Manchester United, wo er mit den Junioren mehrmals den Ligapokal holte.

1957 holte er seinen ersten englischen Meistertitel mit Manchester. Zwei weitere im Jahre 1965 und 1967 sollten folgen.

Der größte Erfolg war jedoch der Gewinn der Weltmeisterschaft 1966 im eigenen Land. Charlton war Kapitän und spielte in der Position eines hängenden Mittelstürmers. Im Endspiel gegen Deutschland fiel das berühmte Wembley-Tor, das noch heute wilde Diskussionen hervorruft. Das Spiel endete schließlich 4:2 für England. 1967 wurde er auch wegen seiner WM-Spiele zu Europas Fußballer des Jahres gekürt.

Nach 752 Spielen mit 247 Toren für Manchester kehrt Charlton 1973 schließlich zu seinem alten Verein Preston North End zurück. 1975 beendete er seine aktive Karriere und gründete u.a. eine Fußballschule.

1994 wurde ihm der Titel Sir verliehen.