Der Name wurde von der vorrömischen Bevölkerung übernommen. Das Legionslager wurde im Zuge der Etablierung der Donaugrenze unter Augustus angelegt, unter Traian wurde die Zivilstadt Sitz der Provinzverwaltung und unter Hadrian zum Municipium erhoben. Mark Aurel hielt sich in der Nähe, in Vindobona auf. Septimius Severus als Kommandant der Donauarmee wurde hier zum Kaiser ausgerufen und erhob die Stadt in den Rang einer Colonia. Nach einem Erdbeben 350 setzte der Niedergang ein, in den folgenden Jahrzehnten war Carnuntum Frontstadt gegen die Quaden und Sarmaten.

Heute ist Carnuntum ein archäologischer Park. Markantestes Wahrzeichen ist das Heidentor, ein halb verfallener Triumphbogen. Das Amphitheater fasste 8.000 Personen. Daneben sind auch Reste vor- und frühchristlicher Kultstätten ausgegraben worden.