Eduard Müller (* 12. November 1848; † 9. November 1919) war ein Schweizer Politiker.
Er wurde am 16. August 1895 in den Bundesrat gewählt und verstarb im Amt. Er gehörte der Freisinnig-demokratischen Partei (FDP) an. Während seiner Amtszeit stand er den folgenden Departementen vor:
Er war Bundespräsident in den Jahren 1899, 1907 und 1913 und Vizepräsident in den Jahren 1898, 1906, 1912 und 1918.