Ferdinand Maria war der älteste Sohn Kurfürst Maximilians von Bayern und dessen zweiter Frau Maria Annas, der Tochter Kaiser Ferdinands II. Nach seiner Ausbildung in den Staatswissenschaften durch Jesuiten vermählte ihn sein Vater mit der erst 14jährigen Adelheid von Savoyen am 11. Dezember 1650 durch Proklamation in Turin.

Nach dem Tod seines Vaters 1651 stand er zuerst unter Vormundschaft seiner Mutter, die währenddessen Regentin war. Sein Onkel Herzog Albrecht fungierte dabei als Landesadministrator.

Durch seine zurückhaltende Politik gegenüber Frankreich konnte er den Frieden für Bayern wahren und durch die Einführung merkantilistischer Wirtschaftsmethoden die Folgen des Dreißigjährigen Krieges schneller überwinden als andere deutsche Länder.

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