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Wichtigste Probleme von FreeDOS sind vermutlich 1. die Inkompatibilität zu allen Windows Versionen oberhalb von 3.00 (auch das geht nur begrenzt). 2. Der EMM386 Treiber lässt bisher keine DPMI Programme zu. Darum ggf. UMBPCI oder anderen Treiber verwenden. Wird EMM386 nicht geladen, lassen sich praktisch alle DOS Programme die nicht von MS selber speziell nur für MS DOS geschrieben wurden verwenden. (Stand Februar 2004)
Einige Vorteile von FreeDOS: Die Lizenz - frei und offen - und die aktive Weiterentwicklung. FAT32 wird weitgehend unterstützt und man kann von FAT32 booten. LBA Festplatten werden je nach BIOS bis 128 GB oder sogar bis 2 TB unterstützt.
Es ist keine Unterstützung für NTFS geplant. Wenn FreeDOS in einem DOSEMU Fenster gestartet wird kann man DOS Programme auf allen von Linux unterstützten Dateisystemen und Festplatten installieren. Auch ein USB Treiber ist nicht geplant: Nur vom BIOS unterstützte USB Geräte sind verwendbar wenn man reines FreeDOS startet. In einem DOS Fenster unter einem anderen Betriebssystem können dagegen die Treiber des anderen Betriebssystemes indirekt mitverwendet werden.
Der FreeDOS Kernel ist auch bei DOSEMU (dem DOS Fenster von Linux) gleich mitgeliefert. Unter DOSEMU wird eine speziell auf DOS optimierte Simulation eines PC geboten, wodurch oft vereinfachte (bei DOSEMU mitgelieferte) Treiber verwendet werden können. Das System läuft viel schneller als der GNU PC-Simulator Bochs oder das kommerzielle VMware. Auf der anderen Seite ist die Simulation für sehr hardwarenah geschriebene Programme in DOSEMU manchmal nicht realistisch genug.
Eine Alternative zu FreeDOS könnte OpenDOS werden. Die Lizenz ist etwas weniger frei, aber es ist zu Windows kompatibel. OpenDOS ist ein Ableger von DR DOS, welches zur Zeit von DeviceLogics unter einer grob mit Shareware vergleichbaren Lizenz vertrieben wird. DR-DOS bietet einen guten EMM386 und eine Art Multitasking.
siehe auch: ReactOS