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Genetischer Flaschenhals ist ein Begriff aus der Populationsgenetik. Er bezeichnet eine starke genetische Verarmung, die durch eine sehr kleine, oft nur aus wenigen Individuen bestehende Population hervorgerufen wird. Bei der Rettung stark gefährdeter Arten stellt dies ein zentrales Problem dar.
Etliche Arten haben in den letzten zweihundert Jahren genetische Flaschenhälse durchlaufen bzw. durchlaufen sie gerade, u. a. Davidshirsch (Elaphurus davidianus), Kalifornischer Kondor (Gymnogyps californianus), Arabische Oryxantilope (Oryx leucoryx), Alpensteinbock (Capra ibex), Kakapo (Strigops habroptilus), Wisent (Bison bonasus), Przewalski-Pferd (Equus przewalski) usw. In einigen Fällen gehen alle heute lebenden Tiere auf etwa ein Dutzend Individuen zurück. Der Gepard hat in vorgeschichtlicher Zeit einen so extremen genetischen Flaschenhals durchlaufen, das ohne Abstoßungsreaktion Gewebe von einem Geparden auf einen beliebigen anderen übertragen werden kann.