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Bastian war von 1956 bis 1980 in der Bundeswehr, zuletzt als Divisionskommandeur mit dem Dienstgrad eines Generalmajor. Bastian war Gegner der geplanten Stationierung von Mittelstreckenraketen mit nuklearem Sprengkopf in Europa (NATO-Doppelbeschluss). Bastian schloss sich der Friedensbewegung an.
Als Mitglied der Partei Die Grünen saß Bastian von 1983 bis 87 im Deutschen Bundestag.
Gert Bastian wurde am 19. Oktober 1992 mit seiner Lebensgefährtin Petra Kelly tot aufgefunden. Nach dem Polizeibericht hat Bastian sie am 1. Oktober im Schlaf erschossen sich anschließend selbst getötet.