Ansätze zu einer Form der Gewaltenteilung finden sich schon in der von Aristoteles und Polybios vertretenen Theorie der Mischverfassung, in der Staatsphilosophie taucht der Begriff aber erstmals in den Werken des englischen Philosophen John Locke und des französischen Barons Montesquieu auf.

Als politisches Programm verkündet wurde die Gewaltenteilung erstmals in der Unabhängigkeitserklärung der USA (1776).

Heute sind die Prinzipien der Gewaltenteilung in den meisten modernen Demokratien dem Verfassungstext nach verwirklicht. In der Verfassungswirklichkeit wird die Gewaltenteilung mehr und mehr durch Mechanismen der Parteiendemokratie ausgehöhlt. Dies geschieht einerseits durch Verlagerung legislativer Entscheidungsprozesse in außerparlamentarische Gremien, anderseits aber auch innerhalb der einzelnen Gewalten durch eine institutionalisierte, dem Parteiproporz folgende Besetzung jedenfalls der höheren Ämter in Rechtsprechung und Verwaltung. Inwieweit eine wirksame gegenseitige Kontrolle der einzelnen Gewalten noch stattfindet, hängt maßgeblich vom jeweils geltenden Wahlrecht und Beamtenrecht ab. Lange Wahlperioden und ein stark ausgeprägtes Verhältniswahlrecht behindern den Austausch des parteipolitischen Personals und führen damit zu einer fortschreitenden Erosion des Gewaltenteilungsprinzips.

Gleichzeitig hat sich das Verständnis von Gewaltenteilung erweitert und umfasst nunmehr nicht allein die horizontale Aufteilung in die Bereiche Judikative, Exekutive und Legislative. Manche Politologen sprechen von sechs Ebenen der Gewaltenteilung: die klassische horizontale, eine vertikale Ebene, in der durch föderale Strukturen eine Begrenzung der Macht des Zentralstaats durch die Länder erreicht wird. Eine temporale Komponente (zeitliche Begrenzung von politischen Mandaten), eine konstitutionelle Ebene, in der Entscheidungsspielräume durch die Verfassung eingeschränkt werden, eine dezisive Ebene, in der durch die Mitwirkung unterschiedlicher Gruppen, z.B. Parteienen und Medien im politischen Entscheidungsprozess staatliche Gewalt eingeschränkt wird, sowie eine soziale Ebene, in der durch den Wettstreit verschiedener Interessengruppen Kompromisse geschlossen werden.

Häufig wird Gewaltenteilung missverstanden als die Forderung nach einer völligen Trennung der einzelnen Gewalten. Dabei wird verkannt, dass Gewaltenteilung nur dadurch funktionieren kann, dass die einzelnen Organe ein Eingriffsrecht in die anderen Zweige besitzen müssen, um effektiv ihre Kontrollfunktion ausüben zu können. Präziser wird hier manchmal von "Gewaltenverschränkung" gesprochen. Ein typisches Beispiel für diese Art der Gewaltenverschränkung ist das im Grundgesetz niedergelegte konstruktive Misstrauensvotum, mit dem eine Mehrheit des Bundestags, also die Legislative, den Bundeskanzler, die Exekutive, abberufen kann. Des weiteren können die Gerichte Akte der Verwaltung überprüfen, Verfassungsgerichte auch Legislativakte. Das Parlament wählt darüber hinaus auch den Bundeskanzler, und ist an der Wahl des Bundespräsidenten beteiligt.

Siehe auch: Trennung von Amt und Mandat