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Die Auswirkungen auf die Umwelt sind nicht zu vernachlässigen (Ammonium, Nitrat). Im Sommer 2002 kam es zu einem starken Fischsterben vor der dänischen Küste und im Sommer 2003 zur Algenplage an den deutschen Küsten.
Mit viel Geld werden Kläranlagen gebaut, um die Umwelt zu schützen, bei der Landwirtschaft wird dies jedoch nicht berücksichtigt, da die Gülle Ausbringung direkt in den Grundwasserkörper wirkt und in Folge die Gewässer verschmutzt.