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1231 folgte Heinrich seinem Bruder Ludwig IV der während eines Kreuzzuges starb. Zum Lohn empfing er die Grafschaft von Thüringen. Heinrich regierte an Stelle seines minderjährigen Neffen Hermann II, der bei Heinrichs Regierungsantritt erst fünf Jahre alt war und 1241 vermutlich mit Wissen Heinrich Raspes vergiftet wurde. Die Frau seines Bruders und Mutter Hermanns II., die heilige Elisabeth von Thüringen, vertrieb er kurz nach seinem Regierungsantritt von der Wartburg.
1242 wurde Heinrich zusammen mit Wenzel I von Friedrich II Verwalter des Reiches für seinen minderjährigen Sohn Konrad IV. Nach der Absetzung Friedrichs 1245 durch Papst Innozenz IV änderte er seinen Sinn und ließ sich am 22. Mai 1246 zum König (sog. "Pfaffenkönig") wählen. In der Schlacht von Nidda im August 1246, besiegte Heinrich Konrad und starb einige Monate später auf der Wartburg.