Ein beliebtes Angriffsverfahren gegen die monoalphabetische Verschlüsselung ist eine Häufigkeitsanalyse einzelner Zeichen, die es bei hinreichend langen Texten über die bekannten Buchstabenhäufigkeiten der Sprache erlaubt, auf einzelne Buchstaben zu schließen.

Die homophone Verschlüsselung tritt dieser Methode entgegen, indem eine Glättung der relativen Häufigkeiten der einzelnen Klartextbuchstaben herbeigeführt wird. Dies erreicht man, in dem man dem selben Klartextbuchstaben mehrere Codeworte (z.b. Zahlen) zuordnet, und zwar idealerweise eine Zahl von Codeworten, die der prozentualen Häufigkeit des Buchstabens in der Sprache des Klartexts entspricht.

Beispiel

Der Buchstabe "e" hat im Deutschen in etwa die prozentuale Häufigkeit 17%, der Buchstabe "h" in etwa die Häufigkeit 5%. Man könnte nun mit 100 Codeworten arbeiten (z. B. den Zahlen 00-99) und würde nun dem Buchstaben "e" 17 Codeworte zuweisen und dem Buchstaben "h" 5 Codeworte, und diese Codeworte gleichmäßig einsetzen. Im verschlüsselten Text würde dann jedes Codewort mit einer Häufigkeit von 1% auftauchen und keine Rückschlüsse über Häufigkeitsanalyse auf den Klartextbuchstaben erlauben.

Bei hinreichend langen Texten erlaubt die homophone Verschlüsselung allerdings immer noch Angriffe über z. B. die statistisch bekannten Häufigkeiten von in der Sprache verbreiteten Bigrammen (ch, qu, ck etc.)