Während der Napoleonischen Kriege kam dieser Name gemäß der klassizistischen Zeitmode neu in Gebrauch. Die im Frieden von Schönbrunn 1809 abgetrennten Teile Österreichs wurden von Frankreich als Illyrische Provinzen (mit Hauptstadt Laibach) organisiert. Es bestand aus den Départements Carinthie (Osttirol und Kärnten, aber nur die Westhälfte umfassend - Unterkärnten blieb bei Österreich), Carniole (Krain), Istrie (das Küstenland), Croatie Civile ("Zivilkroatien") und Croatie Militaire ("Militärkroatien", d.h. die Militärgrenze), Dalmatie (Dalmatien), Raguse (Ragusa, d.h. Dubrovnik).

Nach der Rückgabe dieser Provinzen an Österreich 1814 organisierte dieses Gebiet als Königreich Illyrien mit etwas anderen Grenzen: Unterkärnten wurde dazugenommen, dafür das westliche Kroatien und Dalmatien ausgeschieden. 1849 wurde dieses Königreich aufgelöst.

Vom Namen dieses Königreichs abgeleitet, gab es den Illyrismus, eine Habsburg-treue Spielart des südslawischen Nationalismus Mitte des 19. Jahrhunderts. Illyrer war dabei als ethnische Bezeichnung für die Slowenen und Kroaten vorgesehen.