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Der Archipel bildet die östliche Begrenzung des Indischen Ozeans. Im Westen wird der Indonesische Archipel durch Sumatra und dessen Nebeninseln abgeschlossen, im SÜden durch Java, Bali, Lombok, Sumbawa, Flores, Roti, Timor, Wetter, Timorlaut und die Aru-Inseln, im Osten durch die Molukken und im Nordosten durch die Philippinen.
Die Inseln Borneo, Celebes, Sumatra und Java werden auch als Große Sunda-Inseln bezeichnet, die Inseln ostwärts von Java bis Timorlaut dagegen als Kleine Sunda-Inseln.
Die Landfläche der Inseln besteht aus mehr als 2 Mio. km².
Geologisch sind die Inseln des indonesischen Archipels sehr interessant, besteht hier doch eines der aktivsten Vulkangebiete der Erde. Die größte Höhe wird vom Kinibalu auf Nord-Borneo mit 4.175 m erreicht. Das Klima des Archipels ist aufgrund der Nähe zum Äquator tropisch-heiß, im Westen sehr regenreich und im Osten beim Übergang zu Australien etwas trockener.
Die Tier- und Pflanzenwelt ist außerordentlich reichhaltig. Neben den Zierpflanzen, wie Orchideen und Rafflesia, gibt es auch zahlreiche Holzarten: ausgesprochene Harthölzer und auch Farbhölzer (Teak, Palisander, Makassar). Nutzpflanzen sind neben Kokospalme, Sago und Kautschuk auch Indigo und Gewürzpflanzen.
Die Tierwelt ist im westlichen Teil mit Tigern, Bären und Affen ähnlich der des südostasiatischen Raumes (Thailand, Laos), östlich der Linie Bali/Lombok und Borneo/Celebes treten verstärkt Tiere aus dem australischen Bereich auf: z. B. Beuteltiere, während Affen fast ganz verschwinden.
Der indonesische Archipel war lange Zeit im Besitz der Niederlande (Niederländische Ostindienkompanie), siehe auch Kolonialgeschichte.
