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Sie entspringt bei Scharnitz (A), nähe Mittenwald (D) im Karwendelgebirge (Alpen) und mündet schließlich bei Deggendorf in die Donau. Die Isar fließt u.a. durch die Städte Bad Tölz, Wolfratshausen, Geretsried, München, Freising, Landshut, Dingolfing und Landau an der Isar.
Quellbach ist eigentlich der Moserkarbach, der im Oberen Moserkar unterhalb der Moserkarspitze und der Rauhkarlspitze (Hinterautal-Vomper-Kette) entspringt. Der "Ursprung bei den Flüssen" - offiziell als Isar-Ursprung gehandelt - befindet sich im Hinterautal auf ungefähr halber Strecke zwischen Scharnitz und Kasten.