Er kam als elfter Sohn von Johann Sebastian Bach zur Welt und wurde nach dem Tod seines Vaters Schüler seines Bruders Carl Philipp Emanuel Bach in Berlin. 1754 ging er nach Italien, wo er unter Giovanni Baptista Martini studierte. Von 1760 bis 1762 hatte er die Organistenstelle an der Mailänder Kathedrale, für die er zwei Messen, ein Requiem, ein Te Deum und andere Werke schrieb. Um diese Anstellung zu kommen, war er zur römisch-katholischen Konfession konvertiert.

Nachdem er sich auch einen Ruf als Opernkomponist erworben hatte, wurde er 1762 nach London eingeladen, und verbrachte dort den Rest seines Lebens. Zwanzig Jahre lang war er der beliebteste Komponist in England; seine dramatischen Werke, die am King's Theatre aufgeführt wurden, wurden mit großer Herzlichkeit aufgenommen und er wurde zum Musikmeister der Königin ernannt. Seine Konzertreihe, die er zusammen mit Karl Friedrich Abel am Hanover Square gab, wurde bald das vornehmste der öffentlichen Unterhaltungsangebote. Bach ist von einigem historischen Interesse, da er der erste Komponist war, der das Pianoforte den älteren Tasteninstrumenten vorzog. Seine Werke dagegen waren eher kurzlebig im Charakter und sind inzwischen weitgehend vergessen, obwohl sie elegant und gefällig sind.

Johann Christian Bach wird wegen der Orte seiner Tätigkeit auch als der "Mailänder Bach" oder als "Londoner Bach" bezeichnet.