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Er gilt als erster Spezialist der Mond- und Planetenbeobachtung und Initiator der "Himmelspolizey" zur Suche nach Asteroiden. Mit Franz Xaver von Zach gründete er 1800 die Astronomische Gesellschaft, um die Verbreitung von Wissen und Entdeckungsdaten zu fördern.
Bekannt wurde er schon 1791 durch die "Selenotopografischen Fragmente". Mit 700 Seiten und hunderten Detailskizzen waren sie lange Standardwerk zur Beobachtung des Erdmondes und für Monitoring seiner Oberfläche.
1802 stellte Schröter fest, dass die nächstgelegenen Fixsterne so weit entfernt wären, dass ihre Parallaxe kleiner als 0.75" sein müsse. 1804 entdeckte Harding auf seiner Sternwarte den dritten Asteroid "Juno".