Don Juan de Austria wuchs ohne die Kenntnis seiner tatsächlichen Herkunft auf und kam als Page an den kaiserlichen Hof. Sein Vater Kaiser Karl V. erkannte ihn 1554 im Geheimen als Sohn an. Nach dem Tode Karl V. wurde er vom spanischen König Philipp II offiziell als Halbbruder anerkannt. Zusammen mit dem Infanten Don Charlos besuchte er die Hohe Schule in Alacalá. Bereits mit 21 Jahren wurde er zum Generalkapitän der Meere ernannt. Er führte die Flotte der Heiligen Liga am 7. Oktober 1571 siegreich in der Seeschlacht von Lepanto gegen die Osmanen und starb als spanischer Generalstatthalter in den Niederlanden.

In Regensburg, seiner Geburtsstadt, findet sich auf einem kleinen Platz südlich des Kohlenmarkts eine Gedenkstatue.

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