Von 1998 bis 2000 bekleidete sie das Amt der Sprecherin des Bundesvorstandes der Grünen Jugend und in den darauf folgenden zwei Jahren das Amt als Mitglied im Landesvorstand der GAL Hamburg. Am 8. Dezember 2002 wurde sie auf der Bundesdelegiertenkonferenz der Bundespartei in den Vorstand gewählt. Zusammen mit dem zweiten Beisitzer Omid Nouripour gehört sie der Gruppe der Politiker mit Karriereabschnitt in der grünen Jugendorganisation an.

Katja Husen ist Kandidatin zur Neuwahl der Hamburgischen Bürgerschaft am 29. Februar auf der Liste der GAL.

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