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Der Chor besteht aus rund 45 Knaben- sowie 35 Männerstimmen. Die Männerstimmen sind in der Regel ehemalige Knabenstimmen, die auf eine langjährige Chorerfahrung zurückblicken können. Die Sänger setzen einen wesentlichen Teil ihrer Freizeit ein: Neben den Proben kommen Gottesdienste, Konzerte, Konzertreisen, Radio- und TV-Aufnahmen sowie CD-Einspielungen dazu. Zur Vertiefung Repertoires findet jährlich ein Chorlager statt.
Die Knabenkantorei ist bisher in Frankreich, Belgien, Holland, England, Deutschland, Polen, Russland (St. Petersburg), USA (New York, Philadelphia) und Ungarn (Budapest, Panonhalma) aufgetreten. 1995 konzertierte die Knabenkantorei auf ihrer Deutschland-Tournée in den Städten Ulm, Wiesbaden, Göttingen, Hannover und Frankfurt am Main. 1996 führte die Konzertreise nach Finnland und Estland. 1998 fand, anlässlich des 70-jährigen Geburtstages der Knabenkantorei Basel, die Jubiläums-Konzertreise nach Südafrika statt. Im September 1999 ging die Knabenkantorei nach Tschechien auf Tournée. Im Herbst 2000 bereiste der Chor Berlin, Potsdam und Posen. Eine grosse, äusserst erfolgreiche Jubiläums-Konzertreise führte im Sommer 2002 durch Brasilien.
Daneben hat der Chor auf Einladung an bedeutenden Musikfestivals teilgenommen, so an den Internationalen Musikfestwochen Luzern unter James Conlon, Mario Venzago und Mariss Jansons, am "Festival Europäischer Musik" in Berlin unter Roland Bader, am Internationalen Knabenchorvestival Posen (Polen), sowie an Festivals in Nantes, Nancy, Maastricht, Basel und 1997 am Schubert-Chorfestival in Wien. 2003 nahm die KKB am 1. Internationalen Chorfestival "Venezia in Musica" in Venedig und Jesolo teil.
Die a-cappella-Literatur reicht von der Renaissance bis zur Moderne. Schwerpunkte bilden die Aufführungen von Oratorien, Messen und Kantaten von Bach, Händel, Mozart, Mendelssohn, Britten. Im Weiteren wirken die Knabenstimmen im Lucerne Festival sowie an Opernaufführungen des Theaters Basel mit: Die Zauberflöte, Tosca, Mefistofele, Carmen, La Bohème, Carmina Burana und Macbeth. Als Solisten waren die KKB-Sänger auch an den Theatern von Bern und Freiburg im Breisgau in der "Zauberflöte'' zu hören.
Die Knabenkantorei Basel ist ausserdem Gastgeberchor des bekannten und erfolgreichen Europäischen Jugendchorfestivals (EJCF).
Seit 1983 steht der Chor unter der Leitung von Beat Raaflaub.