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Die Blüten sind in der Regel getrenntgeschlechtlich und bestehen nur aus Staubblättern bzw. Fruchtblättern. Häufig sind sie in Zapfen zusammengefasst. Bei Ginkgogewächsen (Gingkophyta) und Palmfarnen (Cycadophyta) gibt es ähnlich wie bei vielen Algen begeißelte Spermien; bei den anderen Gruppen wächst der Pollenschlauch zur Eizelle und entlässt dort einen Gametenkern, der die Eizelle befruchtet.
Die Nacktsamer, zu denen traditionell die Palmfarne (Cycadophyta), Ginkgogewächse (Ginkgophyta), Nadelholzgewächse (Coniferophyta) und Gnetophyta zählen, gelten heute nicht mehr als natürliche Gruppe, da sie nicht alle Nachkommen ihres gemeinsamen Vorfahrens umfassen. So sind z. B. die Gnetophyta enger mit den Blütenpflanzen (Magnoliophyta) verwandt als mit den anderen Nacktsamern.