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Der See ist zum Großteil von einem Schilfgürtel umgeben. Die Wasserqualtität ist vom Salzgehalt und von der erheblichen Trübe, die von den Sedimenten am Seeboden ausgeht geprägt.
Vor den Regulierungsarbeiten im 19. Jahrhundert setzte sich der See im Südosten im weiten Sumpfland des Hansag fort. Er stand somit in einer engen Verbindung mit der Donau und der Raab. Heute wird der Wasserstand des Sees durch eine Seerandschleuse (Mekszikopuszta) auf ungarischem Staatsgebiet geregelt. Bilaterale wasserwirtschaftliche Fragen werden durch die Österreichisch-Ungarische Gewässerkommission behandelt.
Um den Neusiedler See befindet sich ein bilateraler Nationalpark Neusiedler See/Fertő (zwischen Österreich und Ungarn), der zum Welterbe gezählt wird.
Die Region ist stark touristisch genutzt und gilt als Meer der Wiener. Segel- und Surfsport wird intensiv betrieben. Ebenso wird die Fischerei kommerziell genutzt.
Wichtige Orte sind Illmitz, Podersdorf, Weiden, Neusiedl am See, Jois, Winden, Purbach, Donnerskirchen, Oggau, Rust und Mörbisch in Österreich sowie Fertörakos, Fertöboz, Fertöd, Balf und Mekszikopuszta in Ungarn.
Im Moment (Ende 2003) ist der Wasserstand stark am Absinken. Innerhalb von einem Jahr ist der Wasserstand um 30 cm abgefallen - ein echtes Problem für Segler und die Berufsschiffahrt, die mit ihren Booten immer öfter den Grund berühren.