Es gilt mittlerweile als erwiesen, dass übermäßiger Düngeeinsatz zu einem erhöhten Nitratgehalt in insbesondere oberflächennahen Trinkwasservorkommen führen kann. Der aktuelle Grenzwert für NO₃^- liegt lt. der deutschen Trinkwasserverordnung z.Zt. bei 50mg/l. Wässer, die diesen Grenzwert überschreiten, werden von Wasserversorgern oft mit nitratärmerem Wasser vermischt, um den Grenzwert einzuhalten. Vorbeugend können in der Landwirtschaft Zwischenfrüchte angebaut werden, die den Nitrateintrag in die Gewässer verringern.