Der Geburtsort Nimwegen gehörte damals noch zum Deutschen Reich. Der Geburtstag war der Tag, an dem über Martin Luther in Worms die Reichsacht verhängt wurde. Als achtes Mitglied des jungen Ordens trat Petrus Kanisius 1543 bei den Jesuiten ein. Als erster deutscher Ordensprovinzial begründete er den maßgeblichen Einfluß der Jesuiten bei der Gegenreformation in Deutschland.

Er nahm als Theologe am Konzil von Trient teil, war Rektor und Theologieprofessor der Universität Ingolstadt (heute Ludwig-Maximilians-Universität München), predigte in Wien im überfüllten Stephansdom und entfaltete ein reges Wirken im süddeutschen Raum. Sowohl Kaiser Ferdinand I als auch Papst Gregor XIII vertrauten ihm die deutsche Kirchenpolitik an.

Achtung schuf sich Petrus Kanisius durch seine liebenswürdige Art, die ihn nie von Ketzern oder Irrlehren sprechen ließ, sondern einfühlsam von "neuen Lehrern" und "neuen Lehren". Kirchliche Mißstände prangerte er jedoch scharf und deutlich an. Sein Katechismus, als Antwort auf den Martin Luthers gedacht, wurde allein bis zu seinem Tode 200 mal nachgedruckt.

In seinen letzten Lebensjahren gründete er 1580 im Schweizer Fribourg ein Kolleg, das später nach Feldkirch und schließlich nach St. Blasien im Schwarzwald verlegt wurde. Nach seinem Tod wurde er in der Fribourger Universitätskirche St. Michael beigesetzt.

1869 wurde er selig- und 1925 von Pius XI heiliggesprochen und zum Kirchenlehrer ernannt. Leo XIII bezeichnete ihn als den "Zweiten Apostel Deutschlands" nach Bonifatius.