Zur Zeit besteht die S-Bahn Leipzig-Halle noch aus den voneinander getrennten Systemen in Halle (Saale) und Leipzig. Beide S-Bahnen wurden 1969 angelegt - das Hallesche Netz verband den Stadtteil Trotha über den halleschen Hauptbahnhof mit der Wohnvorstadt Halle-Neustadt. In Leipzig wurde ein herzförmiges Netz vom Hauptbahnhof nach Süden bis zur Stadt Borna angelegt, hinzu kamen Strecken nach Wurzen und Grünau. 2005 sollen beide S-Bahnen durch die Strecke Leipzig - Flughafen Halle-Leipzig - Halle miteinander verbunden werden.
Bis jetzt werden auf beiden S-Bahnen lokbespannte Doppelstock-Wendezugeinheiten eingesetzt, die ab 2005 voraussichtlich durch Triebzüge ersetzt werden.
Die S-Bahn Leipzig umfasst bisher drei Linien mit einer Streckenlänge von 78 km, die hallesche S-Bahn hat eine Länge von 18 km auf einer Linie:
- S1: Borna — Lobstädt — Böhlen — Gaschwitz — Markkleeberg — Leipzig Hbf — Lindenau — Leipzig Miltitzer Allee
- S3: Leipzig Hbf — Sellerhausen — Paunsdorf — Engelsdorf — Gerichshain — Altenbach — Wurzen
- S7: Halle-Trotha — H. Zoo — Halle(Saale)Hbf — H. Südstadt — H.-Neustadt — H.-Nietleben
