Der Rhein-Neckar-Raum war bis dahin das letzte größere Ballungsgebiet in Deutschland, das noch nicht über ein S-Bahn-System verfügte. Bis zum 15. Mai 2001 hatten drei Bewerberkonsortien Angebote für die europaweite Ausschreibung abgegeben. Neben der Eurobahn, die nach Querelen um die Ausschreibung von ihrem Angebot wieder zurücktrat, boten noch eine Gemeinschaft aus TransRegio und Connex, sowie eine Gemeinschaft der DB Regio und der Mannheimer Verkehrsbetrieben. Im August 2001 wurde entschieden, den Betrieb der Rhein-Neckar-S-Bahn für 12 Jahre bis 2015 an die DB Regio und ihre Partner zu vergeben.

Das Streckennetz des neuen S-Bahn-Systems erstreckt sich über die Bundesländer Rheinland-Pfalz,Baden-Württemberg und Hessen und wird 240 km betragen. Die gefahrene Zugleistung soll etwa 6 Millionen Zugkilometer pro Jahr betragen. 65 Bahnhöfe werden durch 40 neue Elektrotriebzüge der Baureihe 425.2 auf folgenden Linien bedient werden:

• S1: Kaiserslautern — Neustadt an der Weinstraße — Schifferstadt — Ludwigshafen am Rhein — Mannheim — Heidelberg — Mosbach — Osterburken
• S2: Kaiserslautern — Neustadt — Schifferstadt — Ludwigshafen — Mannheim — Heidelberg — Eberbach/Mosbach
• S3: Speyer — Schifferstadt — Ludwigshafen — Mannheim — Heidelberg — Bruchsal — Karlsruhe
• S4: Speyer — Schifferstadt — Ludwigshafen — Mannheim — Heidelberg — Bruchsal

Im Zug der S-Bahn-Einführung wurde 2001 begonnen, die Strecke für den Betrieb zu ertüchtigen. Der Abschnitt Mannheim-Kaiserslautern wurde viergleisig ausgebaut, 6 Bahnhöfe entstanden ganz neu, fast alle Bahnhöfe wurden auf S-Bahn-Standard gebracht, was die Bahnsteighöhe und die Ausstattung betrifft. Für den Fernverkehr wurde eine Umfahrung von Schifferstadt gebaut. Für die Wartung der Züge entstand in Ludwigshafen eine neue S-Bahn-Werkstatt.

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