Samen entstehen, nachdem eine in den Samenanlagen sitzende Eizelle durch ein Pollenkorn befruchtet wurde. Aus der befruchteten Eizelle (der diploiden Zygote) entsteht durch mitotischee Zellteilungen ein pflanzlicher Embryo, der aber nicht weiterwächst, sondern durch teilweise Austrocknung in einer Art vorläufigen Wartestellung gehalten wird. Dabei gibt es bedeutende Detailunterschiede zwischen Nacktsamern und Bedecktsamern.

Viele Samenpflanzen umgeben ihre Samen mit Fruchtfleisch, sodass Tiere die wohlschmeckenden Früchte fressen und – nach der Verdauung des Fruchtfleisches – die Samen an anderer Stelle mit ihrem Kot ausscheiden. Auf diese Weise werden die Samen weit verbreitet.

Unter geeigneten Bedingungen kommt der Same zur Keimung: Die Zellteilungen setzen wieder ein, und ein Keimling entsteht, der schon Wurzel und Spross der Pflanze besitzt.