Friedrich August Freiherr von der Heydte erstatte am 22. Oktober 1962 Anzeige wegen Landesverrates gegen die Redaktion des Spiegels. Am 23. Oktober wurde Haftbefehl gegen mehrere Redakteure, u.a. Conrad Ahlers sowie den Herausgeber und Chefredakteur Rudolf Augstein erlassen.

Am 26. Oktober wurde die Redaktion des Spiegel durch die Polizei besetzt und durchsucht. Noch am selben Tag wurde Conrad Ahlers, zusammen mit seiner Frau, während seines Urlaubes in Malaga durch die spanische Polizei verhaftet. Am folgenden Tag, Samstag den 27. Oktober, stellte sich Rudolf Augstein der Polizei und wurde in Untersuchungshaft gesetzt.

Diese Polizeimaßnahmen führten zu großem Protest in der Bevölkerung sowie der restlichen Presse, die einen Angriff auf die Pressefreiheit befürchtete.

Der damalige Verteidigungsminister, Franz Josef Strauß (CSU), beteuerte zunächst, dass er mit der Affäre nichts zu tun habe. Im Zuge der Ermittlungen verstärkte sich jedoch immer mehr der Verdacht, dass er selber im Detail über die Aktionen informiert war und selber vorangetrieben habe. Er erklärte am 30. November dass er nach der Bundestagswahl nicht mehr dem Kabinett zur Verfügung steht.

Nach 103 Tagen in Haft wurde Rudolf Augstein aus der Haft entlassen. Im Januar 1966 wollte der Spiegel durch das Bundesverfassungsgericht feststellen lassen, dass die Bundesregierung illegal gegen die Pressefreiheit verstoßen habe. Vier der acht Verfassungsrichter gaben dem Spiegel recht, was jedoch nicht für eine dementsprechende Feststellung reichte.