Beim Vaginalverkehr kann es zu einer HIV-Infektion oder einer Infektion mit anderen Geschlechtskrankheiten kommen, wenn einer der Geschlechtspartner infiziert ist. Allerdings ist dabei die Übertragung vom Mann auf die Frau wahrscheinlicher als umgekehrt. Vaginalverkehr während der Regelblutung erhöht das Risiko für beide Partner. Ein erhöhtes Infektionsrisiko besteht auch, wenn krankhafte Veränderungen oder Wunden in der Scheide oder am Penis vorliegen. Um das Risiko einer Ansteckung zu verringern, sollte man sich beim Vaginalverkehr mit unbekannten Personen auf jeden Fall durch die Verwendung von Kondomen schützen.

Einige Feministinnen lehnen Vaginalverkehr prinzipiell ab, da diese Form der Sexualität ihrer Ansicht nach in jedem Fall mit einer Vergewaltigung gleichzusetzen sei. Andere (u.A. Alice Schwarzer in "Der kleine Unterschied und seine grossen Folgen") argumentieren, dass der Vaginalverkehr eine Form der Machtausübung des Mannes über die Frau sei.

Mehrere Studien in der Sexualforschung, die u.A. in Grossbritannien und den USA durchgeführt wurden, haben gezeigt, dass fast die Hälfte aller Frauen andere Formen der Sexualität dem Vaginalverkehr vorziehen würden. Dafür können psychologische oder medizinische Gründe die Ursache sein (Frigidität resp. Vaginismus).