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Durch die Niederlagen von Morgarten 1315 und Sempach 1386 gingen die eigentlichen Stammlande verloren - der Hauptteil dieses Gebietes waren nun der Sundgau (südliches Elsaß) und der Breisgau. Sitz der Regierung war Ensisheim nahe Mülhausen, ab 1651 Freiburg im Breisgau, das sich 1386 den Habsburgern unterstellt hatte. Freiburg war die meiste Zeit über das geistige und kulturelle Zentrum.
Lose mit Vorderösterreich verbunden waren die zerstreuten Besitzungen in Oberschwaben, die größte davon war die Markgrafschaft Burgau.
Bei allen habsburgischen Herrschaftsteilungen im Spätmittelalter und in der frühen Neuzeit kamen die Vorlande an diejenige Linie, die Tirol beherrschte, wurden also immer von Innsbruck aus regiert. 1490 wurde sogar eine Zentralbehörde für Tirol und die Vorlande geschaffen.
1648, mit dem Westfälischen Frieden ging das habsburgische Elsass an Frankreich verloren, 1805 im Preßburger Frieden der Rest. 1815, beim Wiener Kongress gab es die Überlegung, auf Salzburg zu verzichten und statt dessen den Breisgau neu zu erwerben. Dies hätte zwar den Wünschen der Breisgauer entsprochen, Salzburg erwies sich aber als praktischer, weil das österreichische Staatsgebiet hiedurch besser arrondiert wurde.