Noch bedeutender ist die Zitronensäure (beziehungsweise ihre Salze, die Citrate) als wichtiges Zwischenprodukt im Kohlenhydrat-Stoffwechsel aller sauerstoffverbrauchenden Lebewesen einschließlich des Menschen. Die Stoffwechselfolge (siehe Biochemie) ist als Citratzyklus bekannt.

Die gelöste Säure und ihre Salze wirken kalklösend und werden in ökologisch akzeptablen Reinigungsmitteln eingesetzt. Kalk wird dabei nicht nur durch die saure Wirkung, sondern auch durch Bildung eines Komplexeses gelöst, so dass Zitronensäure besonders gut kalklösend wirkt, wobei sie auch den Nachteil der Essigsäure vermeidet, die einen beißenden Geruch verbreitet.

Zitronensäure und ihre Salze werden von der Lebensmittelindustrie als Säuerungsmittel und zur Konservierung verwendet, z.B. in Getränken.

Zitronen wird heutzutage industriell aus transgenen Schimmelpilz(aspergillus niger) - Kulturen gewonnen.

Zitronensäure ist eine organische Tricarbonsäure (siehe Carbonsäure), das heißt, das Molekül hat drei -COOH -Gruppen. Außerdem ist eine -OH -Gruppe vorhanden. Es ist daher eine relativ starke Carbonsäure, auch wenn sie im Vergleich zu anorganischen Salzen immer noch als schwache Säure gilt.

Strukturformel:

          O   O-H
          \\\\ /
   O    H   C   H     O
   \\\\   |   |   |    //
    C - C - C - C - C
   /    |   |   |    \\
H-O     H   O-H H     O-H