Die Zollkommissariate der Bundesrepublik Deutschland sind mit ihren Grenzaufsichtsstellen und Zollschiffstationen für die Überwachung der Grenzen des Bundesgebietes zuständig, soweit es sich dabei um EG-Außengrenzen handelt. Die Grenzüberwachung erstreckt sich auf die Landgrenzen, die Küste, die Grenzgewässer und auf Nord- und Ostsee. Seewärts der Begrenzung des deutschen Küstenmeeres werden zusätzliche Aufgaben wahrgenommen, z.B. Festlandsockelüberwachung, Fischereischutz, Umweltschutz- und Verkehrssicherungsaufgaben.
In zwei Küstenwachzentren wird der Einsatz aller mit Vollzugsaufgaben auf See betrauten Behörden auf Nord- und Ostsee koordiniert. Einige Zollschiffstationen werden für die Durchsuchung von aus dem Ausland kommenden Schiffen sowie für die Abfertigung von Schiffen eingesetzt.
