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Kritikwürdig am Zweikammersystem ist, dass es dazu neigt, flexible Politik auszubremsen, da eine Kammer oftmals die andere blockieren kann, was gerade bei unterschiedlicher politischer Dominanz der Kammern der Fall ist. In Bundesstaaten werden zudem oft Bundesangelegenheiten in der Länderkammer ausgetragen, was einer Zweckentfremdung gleich kommt.
In Deutschland hat sich 2003 eine Kommision im Bundestag gegründet, die Reformen des Föderalismusses erarbeiten soll, auch um diese Nachteile zu beseitigen.