La botánica especial se subdivide en Botánica sistemática, que estudia las relaciones filogenéticas que existen entre las distintas entidades botánicas, Geobótanica, que estudia la distribución de los vegetales en el mundo y las relaciones entre las plantas y el entorno geológico, la Ecología vegetal, que estudia el medio ambiente de las plantas, y Teratología vegetal, que estudia las malformaciones que pueden sufrir las plantas.