Durante su pontificado surgieron levantamientos contra los presbíteros-episcopos en Corinto. San Clemente como obispo de la Iglesia de Roma les envió a los corintios una carta bajo su firma llamándolos al orden y a la obediencia a sus respectivos pastores evocando conmovedoramente el recuerdo de los apóstoles Pedro y Pablo.

San Ireneo indica que "Clemente había visto personalmente a los apóstoles y escuchaba con sus propios oídos la predicación de ellos."

Durante su pontificado, aparecieron los primeros cismas y las primeras herejías en la Iglesia: los gnósticos y los ebionitas.