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Hacia el año 2003 la ciudad tiene una población estimada de 418.901 habitantes y una densidad de 1.736,74 personas por km². Su superficia total es de 241,20 km².
Historia
Fue fundada antes del 1500. Originalmente fue una villa puerto de poca importancia hasta la llegada de exploradores europeos a mediados del siglo XVI, cuando una embarcación portuguesa accidentalmente encayó en la prefectura de Kagoshima en 1542. El misionero jesuita Francis Xavier arrivó en otra parte del territorio en 1549, convirtiendo a varios daimyo .

Nagasaki de noche, 2003
La pequeña villa puerto se convirtió rápidamente en una ciudad puerto diversa por la cual ingresaron muchos productos importados de Portugal (como el tabaco, el pan, el tempura, el bizcochuelo, y nuevos estilos de vestimenta). Muchos de estos productos fueron asimilados a la cultura popular japonesa. Los portugueses también trajeron consigo muchos productos de origen chino.
En 1587 la prosperidad de Nagasaki fue amenazada cuando el shogun Hideyoshi Toyotomi subió al poder. Preocupado por la gran influencia cristiana en el sur del Japón, ordenó la expulsión de todos los misioneros. Los jesuitas habían ya adquirido control administrativo parcial sobre Nagasaki, y la ciudad regresó entonces al control imperial. Cristianos tanto japoneses como extranjeros fueron perseguidos y Hideyoshi crucificó a 26 cristianos en Nagasaki en 1596 para prevenir cualquier intento de usurpación de su poder. Los mercaderes portugueses, sin embargo, no fueron perturbados, y así la ciudad continuó su desarrollo.
Cuando el shogun Tokugawa Ieyasu sube al poder aproximadamente veinte años más tarde, las condiciones no mejoraron demasiado. El cristianismo fue prohibido por completo en el año 1614 y todos los misioneros fueron deportados, así como aquellos japoneses que no renunciaran al cristianismo. Le siguió a esto una brutal campaña de persecusión, resultando en miles de muertos o torturados en Nagasaki y otras partes del Japón. Al comienzo los cristianos opusieron resistencia, llegando en 1637 a formarse una insurrección de más de 40.000 cristianos, los cuales tomaron el castillo Hara. El shogun envió 120.000 soldados para aniquilar la rebelión, dando fin así al breve "siglo cristiano" en Japón. Los pocos cristianos en sobrevivir terminaron sus días escondidos y perseguidos.
Los holandeses se habían introducido en Japón silenciosamente para esta época, a pesar de la decisión oficial del shogunato de terminar definitivamente toda influencia extranjera en el país. Los holandeses demostraron que se su interés era exclusivamente comercial y probaron su palabra durante la rebelión Shimabara disparando contra los cristianos y a favor del shogun. En 1641 les fue otorgado Dejima, una isla artificial en la bahía de Nagasaki, como base de operaciones. Desde esta fecha hasta 1855 el contacto de Japón con el exterior se limitó exclusivamente a Nagasaki. En 1720 se levantó la prohibición sobre los libros holandeses, creando así una gran ola migratoria interna hacia Nagasaki de estudiosos de las ciencias y artes europeas.
Luego de que el comodoro estadounidense Matthew Perry llegara a Japón en 1853 el shogun decidió abrir las puertas del país nuevamente. Nagasaki se convirtió en puerto libre en 1859 y la modernización comenzó en 1868. Con la restauración Meiji, Nagasaki se convirtió rápidamente para asumir cierto dominio económico. Su principal industria fue la construcción de embarcaciones.

Esta misma industria sería eventualmente la que la convirtiera en objetivo durante la Segunda Guerra Mundial. A las 11:02 de la mañana del 9 de agosto de 1945, el bombardero estadounidense "Bockscar", en busca de astilleros, en cambio encontró la fábrica de armas Mitsubishi. Sobre este objetivo dejó caer la bomba atómica Fat Man, la segunda bomba atómica en ser detonada sobre Japón y el mundo (ver Hiroshima para un relato de la primera explosión). A pesar de que la bomba falló por una distancia considerable, aún pudo arrasar con casi la mitad de la ciudad. 75.000 de los 240.000 habitantes de Nagasaki fueron muertos, seguidos por la muerte de una suma equivalente por enfermedades y heridas. Se estima que la suma total de muertos fue de 100.000 muertos.
Tras la guerra la ciudad fue reconstruída, aunque ampliamente modificada. Se construyeron nuevos templos e iglesias, ya que la presencia cristiana nunca desapareció e incluso ganó una gran adherencia durante la guerra. Algunos de los escombros fueron dejados intactos en memoria y se levantaron nuevas edificaciones con el mismo objetivo, como el museo de la boma atómica. Nagasaki es aún una ciudad portuaria con una rica industria naval y es además un fuerte ejemplo de perseverancia y paz.
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