Formalmente, se siguen la reglas establecidas por IUPAC y se emplean en la práctica un cierto número de reglas simplemente aplicadas, que permiten entender los nombres de muchos compuestos orgánicos.

Para muchos compuestos, el nombre puede comenzar mediante la determinación del nombre del hidrocarburo del que nominativamente derivan y por la identificación de algunos grupos funcionales en la molécula que la distingue del hidrocarburo. La numeración del alcano del que deriva el nombre se utiliza, modificada si resulta necesario, por la aplicación de las reglas de priporización Cahn Ingold Prelog en el caso de que permanezca la ambigüedad tras la consideración de la estructura aislada del hidrocarburo del que nominativamente deriva. El nombre del hidrocarburo se modifica por la aplicación del sufijo del grupo funcional de mayor prioridad, indicandose los restantes grupos funcionales mediante prefijos numéricos, que aparecen en el nombre por orden alfabético, del primero hasta el último.

En algunos casos, la falta de rigor en aplicar la nomenclatura produce un nombre que es ininteligible--el propósito, por supuesto, es evitar cualquier ambigüedad sobre qué substancia se está discutiendo.

Por ejemplo, la estricta aplicación de la prioridad CIP a la denominación del compuesto

NH2CH2CH2OH

Las cadenas de Simplified Molecular Input Line Entry Specification (SMILES) se utilizan de forma común para describir compuestos orgánicos, y es una forma de 'denominarlos'.