El río Tambopata nace por encima de los 3500 metros sobre el nivel del mar, en los cerros nevados que dominan el altiplano peruano-boliviano. En su descenso inicial hacia hacia la llanura amazónica y el Atlántico forma rápidos y cascadas al discurrir por profundos valles y cañones.
Por debajo de los 3000 metros de altitud atraviesa un ecosistema selvático casi permanentemente cubierto por nubes, conocido como el bosque de neblina o yungas.
Al llegar a la llanura amazónica, por debajo de los 500 metros de altitud, la selva de altura se convierte en la selva amazónica baja y el Tambopata en un río tranquilo, ancho y sinuoso.
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