Elle fut fondée par les Portugais vers l'an 1500. La ville tomba sous contrôle Marocain en 1526. En 1911, l'envoi d'une cannonière allemande dans son port provoqua l'Affaire d'Agadir (incident Franco-allemand).

La ville fut complètement ravagée en 1960 par un tremblement de terre.

La ville actuelle fut reconstruite 2 km plus au sud de l'épicentre du tremblement de terre. Elle est devenue un port important et possède une plage célèbre. Dû à ses hauts buildings, ses larges boulevards, ses hôtels modernes et ses cafés de style européen, certains affirment qu'elle n'est plus une ville typique du Maroc.