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Les raisons de l'aphérèse sont principalement de deux sources.
Aphérèse accentuelle
Tout d'abord, l'aphérèse peut être due au caractère débile des phonèmes concernés : dans les langues à accent tonique, une syllabe atone est en effet susceptible, surtout si elle est éloignée de l'accent, de s'amuïr. Le cas est fréquent d'un point de vue diachronique, c'est-à-dire en phonétique historique.
Ainsi, le terme anglais pour « évêque » est bishop ; il vient du grec ἐπίσκοπος epískopos via le latin vulgaire ebiscopus (par voisement du [p] intervocalique). L'accent (même si, à l'origine, il n'était pas tonique mais tonal) frappant le [i], la voyelle précédente, qui se trouve là être à l'initiale, s'est amuïe à cause de son caractère atone et prétonique. C'est bien un cas d'aphérèse, de même que pour le déterminant français cette, qui provient du latin écce ísta, donnant, par univerbation, eccéista puis eccésta (syncope), et enfin cesta (aphérèse), ceste, cette.
Les exemples de ce type sont nombreux. On peut y inclure toutes les modifications par aphérèse dues à une prononciation moins soutenue, plus rapide, de termes qui peuvent continuent à exister par ailleurs (alors qu'il n'y a pas de mot *ebishop en anglais) : elles sont nombreuses en argot (ricain pour américain) ou dans les jurons (tudieu pour vertu Dieu). Dans tous les cas, le ou les phonèmes touchés ne sont pas toniques.
Aphérèse par élision inverse
Au contraire, dans l'élision inverse, une voyelle tonique peut subir l'aphérèse. Rappelons que l'élision est un métaplasme par amuïssement dû à un hiatus.
En grec, langue qui répugne à l'hiatus, celui-ci est résolu principalement par contraction (et par crase), élision simple ou métathèse de quantité. Dans une langue moins soutenue ou en poésie, cependant, l'hiatus entre deux mots peut être évité par l'aphérèse si la voyelle en fin du premier mot est longue et celle débutant le mot suivant est brève. Par exemple, dans l'énoncé ὦ ἄναξ ỗ ánaks (« ô roi ! »), l'hiatus [ɔːa], qui, normalement entre deux mots, est conservé, pourra être résolu par aphérèse du [a] initial d'ἄναξ ánaks, voyelle pourtant tonique. L'on obtiendra donc ỗ ’naks, écrit ὦ ῎ναξ.
Ce type d'aphérèse est aussi fréquent en anglais : I am (« je suis ») peut être devenir I'm, et, de même, you are > you're, (s)he is > she's, it is > it's\, etc. Le verbe to have est aussi sujet à l'aphérèse : I've pour I have, (s)he's pour (s)he has, we've pour we have, etc.
Enfin, en arabe il existe quelques mots débutant par une syllabe qui subit l'aphérèse dès que le mot n'est pas en début d'énoncé. Ainsi, le nom de Dieu, أَللّٰه ʾAllāh, est réduit à ٱللّٰه llā dans un énoncé : بِسْمِ ٱللّٰه, bi-smi-llāh « au nom de Dieu ». Ce processus est décrit dans l'article sur l'écriture de la hamza.