La flotte chrétienne à dominante espagnole (avec un apport important de Venise, puissance commerçante et militaire), commandée par don Juan d'Autriche, fils naturel de Charles Quint sur les Turcs confirme l'hégémonie espagnole sur la Méditerranée.

Cette bataille est restée dans les traités d'histoire militaire comme un tournant dans la stratégie navale. En effet, c'est la première fois que les galères se voient opposer (à grande échelle) une flotte plus manoeuvrante et armée de canons. Cette combinaison technique, une stratégie qui a consisté à enfermer les Turcs dans le golf de Lépante, une tactique consistant à faire prendre à l'abordage les galères par l'infanterie espagnole, alliées à des défections rapides dans la flotte turque contribua grandement à la réputation de cet affrontement.

Même si des batailles antérieures plus limitées l'avaient déjà annoncée, même si la flotte chrétienne comportait un nombre important de galéres (mais la flotte turque n'avait pas de galéasse), même si l'emploi du canon a été moins décisif que la légende ne l'a voulu, on considére ainsi Lépante comme la fin des flottes de galères au profit des galions armés de canons.

La démesure de l'affrontement en fit également un événement inoui. Chiffres ahurissants pour l'époque : plus de 400 batiments ; 7500 morts chez les chrétiens, 30000 morts et 8000 prisonniers chez les Turcs, 15000 forçats chrétiens libérés de leurs fers ; 117 navires, 450 canons et 39 étendards sont pris aux Turcs.

Toutefois, le rôle prépondérant de la mer Méditerranée (l'enjeu principal de la bataille de Lépante) s'est progresivement effacé dans les années suivantes avec l'essor des flottes océaniques qui avait commencé quelques décennies plus tôt.