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Alors que de plus en plus de séquences de génome, de transcriptome ou de protéome sont disponibles, la signification de la plupart de ces séquences reste à comprendre. La première difficulté a été d'organiser cette énorme masse d'information et de la rendre disponible à l'ensemble de la communauté des chercheurs. Cela a été rendu possible grâce à différentes bases de données, accessibles en lignes, comme SwissProt, PDB, genBank... (cf lien en fin d'article).
Il faut ensuite développer des outils d' analyse de séquences, d' alignement de séquences (pour trouver des analogies entre des séquences déjà bien connues et d'autres qu'on ne connait pas par exemple)...
Un autre aspect est la visualisation et la modélisation moléculaires (voir les protéines en 3D) pour étudier par exemple les sites actifs d'une enzyme, mettre au point informatiquement une série d'inhibiteurs possibles pour cette enzyme, et ne synthétiser et ne tester que ceux qui semblent convenir. Cela permet de réduire les coûts de recherche et d'accélérer ces recherches.
Il y a aussi la dynamique moléculaire, on essaye de voir le comportement d'une molécule dans son milieu en modélisant les différents champs de force entrant en jeu (force de Van der Walls, etc.). La bioinformatique intervient aussi dans le séquençage, avec par exemple l'utilisation de puces à ADN ou biopuce.
Encore un autre aspect est la prédiction de la structure 3D d'une protéine à partir de sa séquence primaire (la liste des acides aminés qui la composent), en modélisant les différentes caractéristiques des acides aminés. Cela a un grand intérêt car la fonction, l'activité d'une protéine dépendent grandement de sa forme.
Bases de données :
L'analyse de séquence
La modélisation moléculaire
Construction d'arbres phylogénétiques
La modélisation de population
Liens externes
Logiciels et programmation :
Institut et ressources en bioinformatique :