Son objectif est d'améliorer l'efficacité et la transparence de la procédure d'autorisation de dissémination volontaire et de mise sur le marché des organismes génétiquement modifiés (OGM).

Cette directive a principalement pour but de rendre la procédure d'autorisation de dissémination volontaire et de mise sur le marché des OGM plus efficace et plus transparente, de limiter cette autorisation à une durée de 10 ans renouvelables et d'introduire un contrôle obligatoire après la mise sur le marché des OGM.

Elle prévoit également une méthode commune d'évaluation des risques associés à la dissémination des OGM (les principes applicables à l'évaluation des risques pour l'environnement se trouvent à l'annexe II de la directive) et un mécanisme permettant la modification, la suspension ou la cessation de la dissémination des OGM lorsqu'on dispose de nouvelles informations sur les risques associés à cette dissémination.

Cette directive rend obligatoire la consultation du public et l'étiquetage des OGM. Le système d'échanges d'informations contenu dans les notifications, tels qu'établi par la directive 90/220/CE, est maintenu. La Commission est obligée de consulter les comités scientifiques compétents sur toute question susceptible d'avoir des effets sur la santé humaine et/ou l'environnement. Elle peut aussi consulter des comités d'éthique.

L'établissement de plusieurs registres concernant des informations sur les modifications génétiques d'OGM et sur la localisation des OGM est rendu obligatoire.